Non credo che le domande "qual è il miglior XYZ?" abbiano senso a meno che non specifichiate le vostre esigenze attuali e future in modo abbastanza dettagliato. Solo sulla base di questo puoi aspettarti di ricevere qualche consiglio sensato, su misura per la tua situazione specifica.
Non sono sicuro del perché tu limiti la tua scelta a queste tre opzioni - ci sono alcuni altri pacchetti software SEM che potrebbero avere più senso per te dal punto di vista funzionale, finanziario o altro (per esempio, Stata o SmartPLS).
Tuttavia, considerando le tre opzioni che hai citato, direi che la scelta si riduce alla seguente logica decisionale.
1) Puoi o vuoi pagare il software? Se no, l'unica scelta è R, altrimenti tutte le scelte sono valide per il passo successivo.
2) Stai cercando un software SEM point-and-click (GUI) senza molta programmazione o ti va bene l'interfaccia a riga di comando e la necessità di imparare la programmazione R? Se il primo, la scelta include AMOS (ora parte di IBM SPSS; la parte, che non è standard e, quindi, ha un costo separato in aggiunta alla base SPSS) dalla tua lista (Mplus ha qualche supporto GUI di terze parti molto semplice, ma non ci conterei) così come Stata, STATISTICA, SmartPLS, WarpPLS e alcuni altri. Se quest'ultimo, allora Mplus e R sono praticamente le uniche opzioni SEM generali decenti.
3) Avete bisogno del supporto software per alcuni metodi SEM avanzati o le vostre esigenze sono piuttosto basilari? Se il primo caso (E volete/potete pagare E non vi preoccupa la linea di comando e la programmazione), scegliete Mplus, altrimenti scegliete R (copre le esigenze SEM di base a pieni voti; ha anche il supporto per vari metodi SEM avanzati, tuttavia, richiede molto più lavoro manuale per la configurazione del software, l'integrazione dei moduli e altri compiti).