Ci sarà naturalmente una moltitudine di risposte a questa domanda - dal momento che rimane di natura molto personale, e si riduce a ciò che hai provato/sentito/stato comodo da usare.
Detto questo - usare la tecnologia per assistervi nella gestione dei vostri dati è un semplice gioco da ragazzi. Con la facilità con cui i dati possono essere accumulati, e la sempre maggiore disponibilità di dati - se non riuscite a gestire le vostre informazioni fin dall'inizio, state creando seri mal di testa per il vostro futuro. Fate lo sforzo ora, familiarizzate con ciò che è disponibile - e raccomandato nel vostro specifico contesto accademico, e iniziate a usarlo.
Io opero nel campo delle scienze sociali, in particolare, diritto. Ho deciso presto di non avere un reference manager che facesse altro che gestire le mie citazioni - cioè l'inserimento dei riferimenti nel mio documento/articolo/capitolo/dissertazione - e la creazione automatica di una bibliografia, se necessario.
Mentre potrei avere il reference manager che organizza la mia libreria, e annotare i PDF al suo interno, ho scelto di affidarmi piuttosto a un Information Manager dedicato per controllare questo aspetto delle cose. Ancora una volta, YMMV, ma non sottovalutare i possibili benefici dell'uso di strumenti dedicati per aspetti specifici del tuo flusso di lavoro - piuttosto che usare un unico prodotto per gestire i riferimenti, la ricerca/scaricamento, le annotazioni, i tag, l'organizzazione, la ricerca ecc. ecc.
Cosa uso:
(Mac OSX)
- Gestore delle informazioni - DevonThink Pro Office e DevonThinkToGo (iOS)
- Gestore dei riferimenti - Bookends 12 e Bookends on Tap (iOS)
- Creazione - Scrivener (MS WORD)
- Annotazione - Goodreader (iOS); LiquidText (Beta - iOS); Textwrangler - per analizzare i sommari delle annotazioni; Highlights App (OSX) - analizza le informazioni delle annotazioni
- Controllo/costruzione del flusso di lavoro - Hazel 3.0; Keyboard Maestro; ShorcatApp; ActionsApp per iPad; Alfred; Textexpander.