Non servirebbe formattare il disco prima di fare l'installatore sul disco. L'atto di mettere il file ISO scaricato sul disco sovrascrive qualsiasi cosa sia già presente. Almeno se usi il normale strumento Media Creation di Microsoft.
Perciò puoi formattarlo come vuoi, non ha importanza. Verrà riformattato comunque.
Il solito modo in cui lo strumento Media Creation formatta il disco per te è facendo 2 (o più) partizioni. Una formattata come NTFS e un'altra come FAT32. Entrambe contengono i file di avvio, mappando il sistema operativo di installazione sulla partizione NTFS. In questo modo può essere avviato sia da un BIOS che da un sistema UEFI.
Se si vuole fare qualcosa del genere manualmente allora diventa un'idea molto coinvolta. Di solito è meglio procurarsi uno strumento di avvio decente, è troppo facile fare errori. Personalmente tendo ad usare MultiSystem / MultiBoot in modo da poter mettere più file ISO sulla stessa unità USB e poi scegliere quale voglio installare all'avvio. BTW, questo fa anche qualcosa di simile nel fare due partizioni per consentire l'avvio di sistemi BIOS o UEFI.