Si può assolutamente, e Apple lo supporta. Non so di cosa stiano parlando gli altri rispondenti.
Ho diverse app che i miei clienti usano come strumenti interni per le loro forze di vendita o tecnici. Non sono mai state pensate per il rilascio su App Store. Sono messe sui dispositivi degli utenti per mezzo di una piattaforma MDM (che è "Mobile Device Management"), con cui un dispositivo è registrato, e che ottiene i privilegi di amministratore sui suoi dispositivi "gestiti", compresa la capacità di installare applicazioni. Quella che ho visto usare si chiama Air Watch, e va bene. E ce ne sono molti altri sul mercato che andrebbero anche bene.
Questo si chiama Enterprise Distribution, ed è un modo completamente legittimo per distribuire applicazioni al di fuori dell'app store.
Si potrebbe anche usare qualcosa come Test Flight o Crashlytics Beta per distribuire le applicazioni agli utenti in un modo del tipo uno a uno. Di nuovo, nulla nel vostro accordo con Apple lo impedisce o lo scoraggia, anche se ci sono alcune ragioni tecniche per cui questo non è buono come usare un MDM.