Posso modificare i file di InDesign con qualsiasi software non-Adobe?

Per quale motivo?
Se speri di essere in grado di modificare il layout, lasciare che il testo si avvolga su nuove linee e (ri)scorra lungo le colonne, aggiungere nuove immagini e testi allo stesso modo di InDesign: NO.

Adobe InCopy permette almeno di modificare il testo in più modi, il che è una manna per gli editor e i traduttori. Ma è anche di Adobe, e lavora a stretto contatto con InDesign permettendoti di emettere "incarichi" da lì.

Potresti provare a creare file EPS (di pagine separate), o preferibilmente un PDF per racchiudere tutto (su più pagine) in modo più affidabile, e provare a sezionare questi file e applicare le tue modifiche in applicazioni di disegno.

Potreste provare a convertire i file di InDesign usando ID2Q (InDesign to QuarkXPress) di Markzware e continuare a lavorare in QuarkXPress, ma ci saranno alcune differenze nel flusso del testo, a causa del motore di spaziatura del testo proprietario e probabilmente brevettato di Adobe (non "booo" questa strategia - passare da QuarkXPress a InDesign poneva esattamente lo stesso problema).

Ma questi approcci vi costeranno o molto tempo o molto denaro (o entrambi) e quest'ultimo non garantisce alcuna somiglianza 1 a 1 del contenuto della pagina.

Se state solo cercando di trovare un'alternativa per poter abbandonare Adobe CC per qualche altra applicazione gratuita o economica, beh, in questo caso, siete sfortunati...

BTW: Da quando Adobe InDesign versione CC (e la relativa sottoscrizione CS6) creando un pacchetto può automaticamente includere una versione "idml" del file (scritta in XML), e queste risorse idml saranno disponibili anche all'interno del file stesso. Quindi i file di InDesign non sono affatto così "proprietari" o "chiusi". È solo una struttura di file molto complessa, con una miriade di proprietà e impostazioni.