È legale fare il root dei telefoni Android?

No, non lo è.
Rooting annulla la garanzia perché la maggior parte delle persone di solito rovinano i loro dispositivi dopo questo.

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Il "Root" è un utente Linux, più o meno. È l'equivalente per Windows di un super amministratore, se esiste una cosa del genere. Root ha il permesso di fare possibilmente tutto con il computer.
Windows vi impedisce di incasinare i file cruciali dandovi i popup UAC (Vista e superiori), e nascondendo quelli più cruciali.
Linux mantiene i file cruciali sotto l'utente root. Solo root, il super utente, ha accesso a questi. Ma la maggior parte delle volte il root non è qualcuno diverso da noi.
Hai già usato una distribuzione Linux? Nessun problema se non l'hai fatto.
Se l'hai fatto, sai benissimo che l'installazione/disinstallazione di software ha bisogno dei permessi di root. Anche l'aggiornamento ne ha bisogno. Anche alcune applicazioni di tweaking.
C'è un comando da riga di comando/terminale (nella maggior parte delle derivate di Debian):
sodu su
Qualunque cosa segua quella linea ha accesso come root.
In pratica, questa istruzione vi dà il permesso temporaneo di avere poteri di root.

Similmente, in Android, che è un derivato di Linux, molti compiti di tweaking richiedono i permessi di root. Esse includono la modifica dei file di base (spesso definiti come ROM) del vostro dispositivo. E il root ha poteri immensi. Vedete, essendo un root potete overcloccare la frequenza della CPU, cioè aumentare la velocità della CPU. Questo causerà riscaldamento, consumo della batteria e spesso instabilità. Allo stesso modo, con i permessi di root puoi fare un sacco di cose che non avresti mai dovuto essere in grado di fare. E questo può essere pericoloso. Gli utenti inesperti possono far esplodere (scherzando, ma è possibile) i loro dispositivi, mentre altri possono cancellare i loro file ROM per errore.
Per risparmiarsi di risolvere tutti questi problemi che gli utenti rootati porteranno, le aziende rendono il rooting qualcosa che annulla la loro garanzia.

Tl;Dr: il rooting può causare danni al sistema e l'azienda subirà perdite quando molte persone lo faranno all'interno dei loro periodi di garanzia, e chiederanno sostituzioni o correzioni gratuite. Così hanno reso il rooting un compito che annulla il loro contratto di garanzia.