MuseScore è effettivamente il programma di notazione musicale di riferimento (IMHO) nel mondo del Free/Libre Open Source Software (FLOSS), e si confronta abbastanza favorevolmente con Finale (rivelazione: ho abbandonato questo, insieme a Windows e al mondo proprietario pay-for-each-upgrade anni fa). Sto usando MuseScore per tutto, dalle partiture per pianoforte alle opere corali complete.
La mia cartina di tornasole per il software di notazione musicale WYSIWYG è la sua capacità di annotare accuratamente la musica per pianoforte a più voci e a più sistemi -- quando lo usavo, Finale era a malapena competente in questo senso (questo era anni e diverse versioni fa), mentre MuseScore (versioni attuali) gestisce facilmente questi e altri complessi problemi di notazione.
LilyPond è, in un certo senso, come TeX/LaTeX, un linguaggio di mark-up per rappresentare spartiti musicali in testo semplice, mentre MuseScore (come Finale e Sibelius) è più simile a LibreOffice Write (o anche MS Word), permettendo l'inserimento della notazione musicale in modalità WYSIWYG.
Lilypond può costituire la base (essere generato da un formato di archiviazione dell'output) per strumenti di notazione simili a WYSIWYG (MuseScore può produrre una partitura in Lilypond); la cosa bella è che questo output può essere modificato nel tuo editor di testo preferito, se necessario (ma non fare errori!). Se sei davvero interessato a padroneggiare i tuoi strumenti, sviluppare una profonda comprensione e fluidità con Lilypond porta a padroneggiare le complessità della notazione musicale di alta qualità.
Alcuni (compositori, musicisti) preferiscono effettivamente inserire le partiture direttamente in Lilypond, lavorando con il loro editor di testo; altri preferiscono ibridi come Frescobaldi, un altro strumento software FLOSS che si pone a metà strada tra l'editing del testo e l'inserimento della musica WYSIWYG (Lilypond è usato per l'inserimento della musica, con una rappresentazione strettamente coordinata della partitura in un pannello adiacente); molti altri (probabilmente) preferiscono l'immediatezza di MuseScore senza preoccuparsi di Lilypond.
La cosa bella del mondo FLOSS/Linux (ecc.) è che puoi provarli tutti e tre gratuitamente, e poi scegliere quello che meglio si adatta alle tue esigenze e al tuo stile -- o usarli tutti, come faccio io! Una bella differenza dal mondo proprietario a pagamento di programmi per Windows come Finale e Sibelius.
BTW, MuseScore, Frescobaldi e Lilypond sono disponibili per Windows e Mac/OS-X oltre che per Linux, e sono gratuiti anche su queste piattaforme. Le implicazioni sono ovvie per l'osservatore casuale...