In caso di dubbio, GPT. Anche se in realtà, l'installazione di Windows gestisce questo per voi e probabilmente non avrete mai bisogno di sapere cosa viene utilizzato.
Windows può essere installato su entrambi allo stesso modo, ad esso tali considerazioni non importa uno iota. L'unità si chiamerebbe ancora C:, i file sarebbero ancora nella stessa identica struttura di cartelle usando lo stesso file system NTFS. Il suo boot loader sarebbe ancora posizionato in modo tale che il firmware della scheda madre possa trovarlo e iniziare a eseguirlo quando si accende. In entrambi i casi, la tabella delle partizioni dell'unità sarebbe memorizzata nello standard MBR o in quello GPT.
Quello che conta è l'hardware. Quella scheda madre potrebbe forzare GPT se volete usare la sua opzione di avvio UEFI/Secure. Non tutte lo fanno, ma ce ne sono alcune. Altrimenti potreste aver bisogno di attivare la sua modalità legacy del BIOS per avviare da un'unità MBR.
Anche MBR è un po' restrittivo. Permette solo 4 partizioni primarie. Si può dividere una di queste in partizioni logiche estese, e l'avvio da MBR significa che il programma di avvio deve essere posizionato in un punto specifico - non può essere su qualsiasi partizione. GPT permette diverse 100 partizioni, tutte primarie, e permette che qualsiasi partizione sia avviabile.
Più importante, molti dispositivi hardware (comprese alcune schede madri) sono incompatibili con i dischi MBR se sono più grandi di 2TB. In realtà è una delle ragioni principali per cui GPT è diventato popolare più di recente, gestisce dischi molto più grandi molto più facilmente - e significa che quel disco funzionerebbe su qualsiasi cosa in grado di gestire GPT. Quando MBR è un po' una questione di hit and mis, si può avere una macchina che funziona perfettamente bene con un HDD da 4TB come MBR, e poi la prossima semplicemente non riconosce alcuna partizione su di esso.