Significa normalmente che il marcatore nel sistema operativo che indica che il file system (FS) è stato chiuso correttamente è nello stato sbagliato. Quando un sistema operativo monta un FS per l'uso, imposta il marcatore per mostrare che è in uso.
Quando scrive dati su un file, i dati stessi devono essere scritti, ma ci sono altre informazioni che devono essere aggiornate. Queste includono la registrazione di quanto è grande il file e possono anche includere cambiamenti alle informazioni che mostrano dove i dati vengono memorizzati. Queste informazioni sono contenute nel descrittore del file. Molti sistemi operativi assegnano l'archiviazione in blocchi di 4 kilobyte conosciuti come unità di allocazione (AU), e se un file ha bisogno di un blocco extra perché è cresciuto oltre un limite di 4 kB, allora un AU di riserva deve essere assegnato al file e rimosso dalla lista degli AU di riserva.
Siccome tutte queste informazioni sono memorizzate su parti diverse del disco, può essere necessario poco tempo per aggiornare queste informazioni. Se il sistema operativo viene fermato o un disco esterno viene scollegato prima che gli aggiornamenti siano completi, allora il disco potrebbe trovarsi in uno stato incoerente. È qui che entra in gioco il marcatore. La prossima volta che il FS viene montato il sistema operativo viene informato che non è stato chiuso correttamente e visualizza il messaggio.
Il messaggio "uno dei tuoi dischi deve essere controllato per la coerenza" è un avvertimento che un FS potrebbe non essere completamente sicuro da usare. Un file può essere contrassegnato come avente una quantità sbagliata di dati; gli AU in un file possono anche essere ancora registrati come inutilizzati; gli AU possono essere persi (non elencati come presenti in un file ma non elencati come di riserva); o ci possono essere altri problemi.
Il file system NTFS di Windows e i file system EXT3 e EXT4 di Linus includono meccanismi di journal per assicurare che il FS diventi automaticamente auto coerente, ma se un file veniva scritto quando il FS ha smesso di essere aggiornato, allora i dati potrebbero mancare da un file. Con i dischi FAT e FAT32 e i dischi EXT2 di Linux, non riuscire a chiudere l'FS in modo pulito può comportare non solo la mancanza di dati dai file che sono stati scritti, ma può anche causare la corruzione o la perdita di altri file nell'FS. L'esecuzione dello strumento di riparazione appropriato può riportare il file a uno stato coerente, ma non può recuperare i dati che sono stati persi o che non sono stati scritti.