La seconda generazione (tipicamente datata 1956-1963) usava transistor discreti. Esempi sono l'IBM 7090 e 7094, UNIVAC 1107, PDP-1 e 8, ecc.
Tuttavia l'Università di Manchester's experimental Transistor Computer fu operativo per la prima volta nel novembre 1953 ed è ampiamente ritenuto il primo computer a transistor ad entrare in funzione in tutto il mondo. Tuttavia usava anche un piccolo numero di tubi nel suo generatore di clock, quindi non era la prima macchina completamente transistorizzata.
Il Transistor Computer di Manchester usava 92 transistor a contatto puntuale, che erano ancora meno affidabili delle valvole che sostituivano ma che consumavano molta meno energia. La durata media senza errori di un modello aggiornato nel 1955 era di sole 1,5 ore.
Nel 1954, i Bell Labs consegnarono il TRADIC (TRAnsistor DIgital Computer o TRansistorized Airborne DIgital Computer) alla U.S. Air Force. Anch'esso utilizzava tubi a vuoto nel generatore di clock.
Il primo computer completamente transistorizzato fu l'Harwell CADET, che funzionò per la prima volta nel febbraio 1955.
L'IBM 7070 fu il primo computer transistorizzato a programma memorizzato dell'azienda. Fu introdotto nel 1958 e usava 30.000 transistor al germanio a giunzione di lega e 22.000 diodi al germanio.
L'IBM 1401, considerato il primo computer prodotto in serie a vendere oltre 10.000 unità, usava anch'esso transistor a giunzione di lega di germanio.
L'IBM 083, NPN, (equiv 2N1302), usato nella maggior parte delle schede logiche SMS.
Altre informazioni sui transistor a giunzione in lega di germanio usati in questi computer si possono trovare qui.