La maggior parte dei sistemi operativi basati su GNU/Linux lo fa finché è in grado di eseguire una macchina virtuale o un emulatore (e l'host ha il supporto a 64bit per farlo funzionare e/o funzionare). Se c'è un programma specifico per Windows che vuoi eseguire, raccoglierei una lista di requisiti di ciò che serve per eseguire quei programmi, poi verificherei se il proprio host può ospitare le risorse necessarie per eseguire un emulatore come WINE o una piattaforma di virtualizzazione come QEMU, VirtualBox o VMWare.
Quando usi WINE, usa il loro AppDB per verificare quanto bene sia supportata l'applicazione, poi verifica che la versione specifica di WINE sia disponibile per il sistema operativo, perché uno dovrà costruirla da solo.
Per quanto riguarda le opzioni di virtualizzazione, visitate il sito di dette piattaforme di virtualizzazione e assicuratevi che il packaging esista e che il kernel e altre dipendenze siano soddisfatte per la versione del prodotto di virtualizzazione o che possa essere un problema (questo è particolarmente importante per i sistemi operativi Linux rolling release come Arch e Gentoo).
Più importante, se volete davvero eseguire programmi Windows, forse considerate di eseguire Windows nativamente e utilizzare Linux in una macchina virtuale. Non posso davvero determinare i tuoi bisogni o le tue esigenze, perché questa domanda è un po' vaga. (Quali programmi Windows? Quali sistemi operativi Linux?)