Io uso i client MySQL GUI principalmente per la programmazione SQL, e spesso tengo l'SQL nei file. I miei preferiti attuali sono:
DBVisualizer
http://www.dbvis.com/
Non è gratuito ma ora lo uso come client principale su OS X sia per MySQL che per Vertica. Un'applicazione molto completa. L'uso dello schermo potrebbe essere un po' più efficiente, ma per il resto è molto difficile trovare qualche difetto. Supporta connessioni multiple, file SQL multipli. Estremamente stabile e senza bug. Altamente raccomandato.
MySQL Workbench
http://www.mysql.com/products/workbench/
Consistentemente buggato ma lo tengo in giro. Supporta più connessioni aperte, ognuna con più schede di editor SQL che si traducono facilmente in file .sql. L'editor SQL ha un parser e riconosce il contenuto della finestra come un insieme di dichiarazioni separate da ";" con errori di sintassi evidenziati.
Sequel Pro
http://www.sequelpro.com/
L'ho usato un po' e finora tutto bene. Supporta più connessioni aperte, ma solo un editor SQL per connessione. È possibile aprire un file SQL nell'editor, ma poi non mostra chiaramente quale file è aperto, il che è fastidioso. Altrimenti sembra solido.
Aqua Data Studio
http://www.aquafold.com/aquadatastudio.html
Ho iniziato a valutarlo molto recentemente e sembra buono. Tuttavia non è gratuito, e sembra avere alcune stranezze, per esempio l'editor sql richiede di separare le istruzioni SQL con "/", e la finestra di dialogo di apertura/salvataggio dei file non supporta l'intera finestra di dialogo dei file nativa di OS X, il che rende la navigazione lenta.
Querious, Navicat, e SQLEditor sono anche da considerare a seconda delle vostre esigenze.
(modificato per riflettere la mia esperienza con DBVis)