Fisico è abbastanza facile da capire, è tangibile. Si può vedere, toccare, tracciare. È il mezzo fisico tra due punti, ma include anche una rete più grande -- tutti i nodi, come gli switch e i router tra due punti qualsiasi.
Il logico è più un concetto astratto, l'organizzazione (topologia) della rete. È morbido (configurazione del software), non tangibile. Una piccola lista di molti esempi possibili può essere: VLAN (LAN virtuali/reti) - separazione OSI livello 2, sottoreti IP - separazione OSI livello 3, tecnologie tunnel/VPN ... GRE, MPLS/VPLS, ecc. I sistemi autonomi, dispositivi raggruppati da una gestione comune o da domini di routing, sono anch'essi logici. Non puoi vederli guardandoli fisicamente, devi ricavarlo guardando le configurazioni software/soft. Pensate alla virtualizzazione; anche i circuiti di dati sono più virtuali che mai... multiplexing, DWDM.
As is usually the case, Wikipedia has a better definition than my answer really provides: Network topology