Dipende da come si esegue la crittografia, sì.
Non raccomando la crittografia dell'intero disco perché la crittografia è effettivamente parte del sistema operativo. Questo è conveniente, e può funzionare alla grande se l'utente è attento e sa cosa sta facendo. Ma può portare a problemi di blocco anche se i file stessi sarebbero altrimenti a posto. Un errore con la crittografia dell'intero disco può letteralmente bloccare l'intero disco e tutti i suoi contenuti.
La crittografia di file e cartelle evita questo. Può essere sicura quanto la crittografia dell'intero disco, ma per il sistema operativo, i vostri file crittografati sono solo file, niente di speciale. Le operazioni di backup/ripristino/copia/invio/qualunque cosa funzionano tutte normalmente, con zero complicazioni o rischi extra; e i vostri file e cartelle rimangono completamente criptati indipendentemente da dove o come vengono spostati - anche fuori dal disco, come nel cloud storage; su una chiavetta USB; su un nuovo PC; o su un diverso sistema operativo.
Inoltre, i problemi e gli errori con la crittografia di file e cartelle sono di solito limitati solo ai file e alle cartelle che vengono attivamente crittografati - non all'intero disco.
Gli strumenti di crittografia di file e cartelle sono ampiamente disponibili. Per esempio, il programma gratuito e open-source 7-Zip può crittografare i vostri file e cartelle secondo lo standard AES-256; che è attualmente considerato inattaccabile.
Combinato con un buon gestore di password (per generare password lunghe e complesse e ricordarle per voi), gli strumenti di crittografia di file e cartelle come 7-Zip sono facili da usare e rendono i vostri dati molto, molto sicuri.
(7-Zip può anche comprimere i vostri file, se avete bisogno di spazio.)
Quindi, sì, crittografate. Ma scegliete con cura per non aggiungere complicazioni inutili alla vostra ricerca di sicurezza.