Praticamente la risposta è "non fottere nulla in Program Files/Program Files (x86) direttamente a meno che tu non sappia cosa stai facendo". Se dovete fare questa domanda, allora non sapete cosa state facendo. Stai lontano da quella directory.
Program Files/Program Files (x86) è dove il tuo software attuale (e anche alcuni importanti software di Windows.) è memorizzato e non dovresti armeggiare con nulla lì dentro a meno che tu non abbia conoscenze specifiche su come fare una cosa specifica per un motivo specifico. Se avete bisogno di rimuovere un programma, usate il programma di disinstallazione fornito con il programma o rimuovetelo usando il pannello di controllo Programmi e funzionalità.
(Semi-Unrelated Tangent) Fortunatamente Windows applica specifici permessi di filesystem a quelle directory, ma sfortunatamente Windows è progettato per infastidirvi in modo da paralizzare la sua sicurezza o rendere banale spararsi sui piedi con la sua sicurezza. Mi infastidisce ancora oggi che un sacco di "risoluzione dei problemi" in Windows spesso INIZIA con "prova ad eseguirlo come amministratore". Se avere bisogno del superutente è qualcosa di richiesto per far funzionare software non amministrativo sul vostro sistema operativo, allora il vostro sistema operativo è ancora rotto.