"Stock" significa generalmente "come fornito dal venditore". In questo senso, la versione modificata di Android che viene preinstallata su questi dispositivi è "stock."
Un modo migliore per pensare alle edizioni Play Store di questi telefoni è "pulito" o Android non modificato. Solo quando Google vende il dispositivo è questa versione non modificata "stock".
Entrambe le versioni modificate e non modificate di questi dispositivi includono driver per l'hardware specifico che il dispositivo contiene, che ne permettono il funzionamento.
La maggior parte dei driver sono proprietari/closed source, quindi quando Google fa un dispositivo Play Edition, in genere devono ottenere questi driver dal fornitore dell'hardware.
Se si vuole installare la versione "pulita" di Android su un dispositivo, è necessario ottenere il codice dall'Android Open Source Project (AOSP), compilarlo, e caricarlo sul dispositivo e sperare che si avvii. Non lo consiglierei per iniziare.
Per il principiante, la cosa migliore è probabilmente trovare una ROM personalizzata basata su AOSP. Ce ne sono molte nei forum di xda-developers.com.
Personalmente, uso CyanogenMod (cyanogenmod.org), poiché tenta di rimanere fedele ad AOSP, pur migliorandola con una personalizzazione pazzesca. Ho avuto pochi problemi ad installarla sul mio Samsung Galaxy S3, seguendo le istruzioni su questa pagina (ma usando il metodo Odin documentato nella sezione "Helpful Tip" in alto):
http://wiki.cyanogenmod.org/w/In...
Hanno anche un programma di installazione ora, che rende il processo abbastanza indolore.
Poi, dopo aver ottenuto una migliore sensazione di installare ROM precompilate, è possibile estrarre il sorgente e compilarlo da soli e caricarlo sul vostro telefono. CyanogenMod ha anche le istruzioni su come fare questo:
http://wiki.cyanogenmod.org/w/De...
Una volta che hai una maniglia sulla costruzione di sorgenti stabili per un telefono, allora sei probabilmente pronto a scavare e costruire la tua ROM da zero.
Concesso, puoi tentare di andare direttamente a costruire la tua ROM da zero all'inizio; raccomando solo questo percorso perché ti faciliterà nello sviluppo Android e (si spera) ti risparmierà un telefono bricked.
Su una nota a margine, inizialmente ero un po' contrario a passare ad Android, dal momento che avevo familiarità con l'iPhone e avevo un sacco di applicazioni e musica, ma ora che sono passato, sono contento di averlo fatto e non mi aspetto di tornare indietro molto presto.
Buona caccia!