Al giorno d'oggi non c'è davvero alcuna differenza.
Se si torna indietro di 30 anni, i personal computer erano abbastanza poco performanti: Apple Macintosh, Atari, Amiga, IBM PC. Gli ingegneri avevano qualcosa di completamente diverso per fare i loro calcoli: mini come il PDP-11, superminimi come un VAX, forse un mainframe IBM e forse un grande CDC. Queste macchine erano molto più potenti dei personal (micro) computer, ma allora avevano CPU che coprivano un intero circuito o più.
Da qualche parte intorno ai primi anni '80 i progettisti di hardware hanno capito come rendere le CPU molto più veloci usando l'elaborazione vettoriale. E queste macchine, il Cray-1, il Cyber 205, e più piccoli, l'Alliant FX-8, il Convex C-90 e molti altri, furono chiamati supercomputer.
Vai avanti di un paio di decenni e tutte le idee che sono andate nella progettazione dei supercomputer sono ora parte del tuo personal computer quotidiano. Quindi non c'è più una vera distinzione tra personal computer e supercomputer: un supercomputer è solo un cluster con un gran numero di processori ordinari. Quindi il prefisso `super' proviene dai giorni in cui il calcolo ad alte prestazioni era fatto solo su macchine molto speciali chiamate supercomputer. Quei giorni sono in gran parte passati. Solo NEC produce ancora processori che sono i discendenti dei vecchi super, ma anche loro li mettono in un cluster.
In pratica, ogni "super" computer di questi tempi è un cluster. Naturalmente, per essere chiamato "super" è meglio avere un cluster "grande". Quelli con cui ho giocato negli ultimi dodici anni hanno avuto migliaia di nodi. È grande, ma non è nemmeno il più grande.