Ho scritto altrove su Quora su questa e altre domande simili.
Entrambi i "primi" computer britannici - Cambridge EDSAC, Manchester Baby e Mark I - avevano CRT elettrostatici, che potevano mostrare una limitata bit-map 2D di parte della memoria, ed entrambi furono presto usati per i giochi. Ma non sono mai stato in grado di trovare alcuna menzione di dispositivi di puntamento.
C'erano sensori tattili 2D che risalivano agli anni 20 sotto forma di joystick con potenziometri che potevano essere usati per il controllo remoto di aeroplani, ecc. (Ho messo una foto di uno di questi in un'altra risposta.)
È molto probabile che Whirlwind I al MIT sia stato il primo uso di un dispositivo di puntamento su un display (la penna/pistola leggera inventata da Bob Everett nei primissimi anni '50).
Non credo che Whirlwind II (il sistema di difesa aerea SAGE) richiamasse comandi con la pistola leggera, ma la usava per puntare a diversi display sullo schermo di diverse informazioni sugli aerei.
SAGE Interactive Terminal With Light Gun (ca. 1956-7)
Il mio voto per "un primissimo" sistema reale con una vera GUI, incluso un dispositivo di puntamento, è Sutherland's Sketchpad di Ivan (ca 1962). Era scritto in un sofisticato assemblatore di macro - CORAL - fatto da Larry Roberts (che più tardi fu la forza trainante di ARPAnet) e girava sul TX-2 (il computer sperimentale SAGE ai Lincoln Labs).
A proposito, l'articolo di Wikipedia sulle GUI e la loro storia è impreciso, e tralascia anche importanti primi sistemi. Vi consiglio di non prenderlo troppo sul serio (questo è spesso il caso degli articoli di Wikipedia sull'informatica, specialmente quella "precedente").
Per esempio, l'articolo afferma erroneamente che la GUI Parc non aveva icone, trascinamento, ecc. (perché le persone ignoranti sono così combattive nel bluffare?)
Qui c'è uno dei sistemi del Parc fatto in Smalltalk ca 1974) che mostra molti aspetti importanti di ciò che si poteva fare, incluse le finestre multiple, le icone, il trascinamento, il disegno, l'animazione in tempo reale, ecc.