Non si può spostare o minimizzare la finestra che supporta una chiamata, è una sorta di notifica statica.
Altra gente è infastidita da questo, vedi questi thread del forum Apple:
* Finestra Facetime Audio inamovibile
* La finestra Facetime Active Call non può essere ...
Puoi disabilitare la notifica tramite Preferenze di Sistema > Notifiche > Facetime togliendo la spunta a "Badge app icon".
Apprezzo molto la notifica per rispondere alla chiamata. Anche se il mio MacBook ha una touch bar che mi permette anche di rispondere/finire, video o silenziare. Notate anche che la barra tattile non presenta il pulsante di cui avete bisogno quando dovete comporre durante una chiamata ("Seleziona 1 per il reparto A, Seleziona 2 per il reparto B"). Quindi, avrete bisogno del pop-up.
È possibile uccidere il pop-up come documentato in Come nascondere FaceTime audio macOS High Sierra versione 10.13.
(qualcuno ha anche condiviso uno script per il comando di uccisione utilizzando un'applet di Automator)
Non dimenticate di fornire un feedback ad Apple su questo. Anche se sono passati alcuni anni, si spera che troveranno una soluzione migliore dell'attuale notifica.