Anche se Android usa il kernel linux e linux può leggere NTFS, NTFS è una tecnologia proprietaria di Microsoft e nessuna delle soluzioni open source è molto buona per implementarla (e sono probabilmente soggette a brevetti quindi non incluse in un altro dispositivo commerciale).
Android implementa i filesystem FAT e EXT. Il miglior filesystem sarà probabilmente EXT4 ma potrete leggerlo solo in altre macchine Linux. Anche se non ho controllato se Android monterà una scheda SD formattata EXT.
So che lo storage adottabile in marshmallow usa un filesystem ext4 criptato. Quindi funziona.
Molto tempo fa ho partizionato la mia scheda SD in un filesystem ext2 da 2 giga e poi in una partizione fat da 30 giga e ho modificato la sequenza di avvio per montare il filesystem ext2 in modo che le applicazioni si installassero lì, il dispositivo (htc desire originale) aveva solo circa 1 giga di memoria interna per le applicazioni, prima di poter migrare le applicazioni sulla scheda SD. Inoltre questo era meglio della migrazione delle applicazioni sulla SD, perché anche le applicazioni che sostenevano di non poter funzionare sulla scheda SD vi si installavano.