I sistemi Linux e Windows possono condividere file attraverso la rete con Samba, che usa il protocollo SMB/CIFS per offrire e connettersi alle condivisioni di gruppo di Windows. Questo è adatto a piccoli uffici e reti domestiche con sistemi Linux e Windows.
Linux può essere integrato in una rete Windows usando Active Directory, per gli account utente e l'autenticazione, poiché Active Directory usa LDAP e Kerberos, che sono protocolli originariamente sviluppati su Unix. L'integrazione AD richiede uno stretto coordinamento tra gli amministratori AD di Windows e gli amministratori Unix per sincronizzare i nomi utente, gli UID e i GID di Unix con i nomi utente e i SID di Windows.
Linux può fornire applicazioni basate sul web accessibili dalle macchine Windows. Questo è comune nei sistemi intranet, cioè server web a cui si accede all'interno di una LAN.
I sistemi Network Attached Storage (NAS) possono servire condivisioni di file a Windows, macOS e Linux, usando i protocolli SAMBA, NFS, WebDAV, Apple e iSCSI. FreeNAS è basato su FreeBSD.
Linux è spesso usato per fornire servizi DNS, DHCP, Web ed e-mail in reti eterogenee con un mix di sistemi Linux, Windows e macOS.